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3月31日，国家卫生和计划生育委员会通报，在上海和安徽发现3例人感染H7N9禽流感病例。这是全球范围首次发现人类感染H7N9病毒，而此病毒此前仅在禽间发现。
根据通报，在上述3个病例中，87岁的上海男性患者李某于2月19日发病；3月29日，中国疾病预防控制中心从该病例中分离出H7N9禽流感病毒。从李某发病至3月31日通报病例，共历经32天。
3月7日下午，一条微博新闻被转发传播，内容称“上海第五人民医院出现了几例不明死亡病例，初步诊断为流感，有呼吸衰竭症状，但愿院方公布真相”，随后这则微博被删除，发布微博的用户也更改了账号名称。
五院于3月7日发布的新闻稿中，以专家会诊名义认定，“3名患者均为肺炎”。稿件还表示，经上海市公共卫生临床中心检验，相关患者排除禽流感等高致病性“非典型肺炎”。
在回答记者关于院方是否存在误诊的问题时，五院宣传科一位工作人员表示，李某并未感染作为法定传染病疫情的甲型H1N1流感及人感染高致病性禽流感（H5N1），因此3月7日五院所称的“排除禽流感”病毒感染，所指的可能就是H5N1病毒，而非当时还尚未被实验室发现的、能被人类感染的H7N9病毒。
五院院长办公室工作人员表示，由于五院不具备所有传染疾病病毒的监测能力，所以病人的血清通过医院采集以后，由上海市或国家的疾控部门开展血清筛查。3月29日下午，中国疾病预防控制中心从相关病例的标本中分离到H7N9禽流感病毒。